Τα ομοιοπαθητικά φάρμακα δεν παρουσιάζουν παρενέργειες και άρα δίνονται με ασφάλεια σε νεογνά, βρέφη, παιδιά, εγκύους ή θηλάζουσες γυναίκες. Ο λόγος είναι ότι κατά τη διαδικασία παρασκευής τους έχουν αραιωθεί σε τέτοιο βαθμό ώστε να έχει καταργηθεί οποιαδήποτε πιθανότητα παρενέργειας τους, ενώ αντίθετα έχει ενεργοποιηθεί η θεραπευτική τους δράση. Κατά την έναρξη της θεραπευτικής αγωγής με ένα ομοιοπαθητικό φάρμακο υπάρχει πιθανότητα σε κάποιους ασθενείς να παρατηρηθεί μικρή ένταση των συμπτωμάτων της νόσου τους, άλλες φορές αντιληπτή και άλλες όχι, η οποία διαρκεί για μικρό χρονικό διάστημα και ακολουθείται από μια περίοδο ύφεσης και βελτίωσης της γενικότερης κατάστασης του ασθενούς. Το φαινόμενο αυτό είναι γνωστό ως «Θεραπευτική Ομοιοπαθητική Επιδείνωση» και είναι ένδειξη καλής αντίδρασης ενός οργανισμού στη δράση ενός ομοιοπαθητικού φαρμάκου, σημαίνει δηλαδή ότι το φάρμακο αρχίζει να δρα. Δεν εμφανίζεται πάντα και όχι σε όλους και συνήθως αφορά σωματικά συμπτώματα όπως π.χ. κεφαλαλγίες, δερματικά εξανθήματα. Σημαντικό είναι ο ασθενής να γνωρίζει ότι συμπτώματα όπως υπνηλία, κόπωση και κεφαλαλγίες την πρώτη εβδομάδα της αγωγής αποδίδονται στην απαιτούμενη για τη θεραπεία διακοπή της καφεΐνης και υποχωρούν από μόνα τους.